Клинцы была основан в 1707 году старообрядцами-переселенцами из Ветки. Название "Клинцы" по имени первого поселенца — Василия Клинцова, крестьянина Костромского уезда.При этом, есть версия, что слобода была названа по фамилии первых поселенцев (Клинец) во множественном числе. В 1782 году из слободы Клинцы стали посадом Сурожского уезда сначала Малороссийской, а потом Черниговской губернии.С 1830-х годов в Клинцах появляется текстильное производство, постепенно ставшее важнейшей отраслью промышленности города. К концу XIX века здесь было сосредоточено более 90 % текстильной промышленности Черниговщины. Город называли «Манчестером Черниговской губернии».
По меркам области Клинцы - город крупный (второй по величине после Брянска). В нем проживает в общей агломерации 80,000 жителей, в то время как 10 из 16 райцентров области не дотягивают и до 20,000. В 1918 году по Брестскому договору город находился в составе Украинской народной республики, Черниговская губерния, Суражский уезд. С 11 июля 1919 года — в составе Гомельской губернии РСФСР, Суражский уезд. С 1921 года посад Клинцы становится уездным центром в составе Гомельской губернии.
В 1925 году Клинцы получают статус города. С 14 января 1929 года город Клинцы входил в состав Западной области РСФСР, где был центром Клинцовского округа и Клинцовского района. С 1936 года Клинцы — город областного подчинения. С 19 октября 1937 года город Клинцы входил в Орловскую область, а с 5 июля 1944 года находится в составе Брянской области.