Керчь - единственный из крымских городов, где инкогнито побывал Петр I. В 1699 году он прибыл сюда с эскадрой кораблей, решив продемонстрировать их миру, а вторым рейсом эскадры отвезти посла к турецкому султану. Балтика оставалась еще закрытой, и выйти за границу можно было только через Азовское море. В 1699 году Петр проплыл на одном из кораблей мимо мыса Фонарь и вошел в Керченскую бухту. Турецкий паша проснулся, глянул на море и с ужасом увидел эскадру кораблей под незнакомыми флагами. Как известно, российский государственный флаг похож на голландский, ведь Петр взял его за образец и только поменял местами полоски. Возникла путаница. Тогда, в Керченской бухте, русский царь впервые задумался о создании морского флага России. Через два месяца после посещения Керчи было принято решение об учреждении Андреевского флага.
Петр пробыл здесь пару дней, изучая берега. Он даже сам нырял, чтобы промерить глубину и оценить опасность «блуждающих мелей». Потом выходил на берег, наверняка поднимался на гору Митридат. Керченский паша Муртаза не хотел впускать русские корабли в бухту и, тем более, отговаривал нежданных гостей от похода в Константинополь. Но ничего не смог поделать.
Вот как пишет об этом Алексей Толстой в романе «Петр первый»: «Муртаза-паша на другой день послал важных беев к адмиралу. Беи сказали: «Мы вас, московитов, жалеем, вы нашего Черного моря не знаете, - во время нужды на нем сердца человеческие черны, оттого и зовется оно черным. Послушайте нас, поезжайте сушей...». И стоявший тут же какой-то длинный, с блестящими глазами человек в голландском платье засмеялся, и все русские засмеялись.
Что тут поделаешь? Как их не пустить, когда с утренним ветерком московские корабли ставят паруса и по всем морским правилам делают построения, ходят по заливу, стреляют в парусиновые щиты на поплавках. Откажи таким нахалам! Надеясь на одного Аллаха, Муртаза-паша затягивал переговоры...»
Потом русский корабль «Крепость» подошел-таки к Константинополю, доставив посла для переговоров, и отметил успех первого транс-черноморского плаванья потрясшим город пушечным залпом. Корабль «Крепость» был спущен на воду в мае 1699 года и был предназначен для того, чтобы доставить в Турцию русского посла думного дьяка Е. И. Украинцева. 14 августа корабль в сопровождении эскадры адмирала Ф. А. Головина прибыл в Керчь. С 28 августа по 7 сентября «Крепость» перешел из Керчи в Константинополь, оторвавшись на переходе от турецкого сопровождения. В июне 1700 года корабль вернулся в Азов, по дороге посетив Балаклаву и Кафу (Феодосию). На борту «Крепости» было 170 русских солдат, захваченных в плен в 1695-1696 годах. В 1711 году корабль пришел в негодность и был оставлен в Азове при сдаче города туркам по Прутскому мирному договору.
Настолько приглянулись Петру эти «три моря», так оценил он выгоду географического положения Керчи, что решил построить здесь южную столицу России. Есть о том свидетельство сопровождавшего царя английского посланника. Но надо было сперва овладеть Керчью, а царя и войско его отвлекала северная война. Петр Великий не забывал об этом замысле до конца дней. Он же определил стратегию России - движение на юг через Керченский пролив и влияние на мусульманские страны.
Напуганные внезапным вторжением русских, турки поняли, что можно войти в Керченскую бухту с севера, и решили, срочно поставить здесь крепость. За три года, к 1703 году, ее построили по своему проекту французские инженеры. Султан назвал этот форт на берегу пролива Ени-Кале - «Новая крепость». Служить защитой в сражениях ей не пришлось, и уже в 1774 году здесь расположился русский гарнизон. Осуществила замысел Екатерина II - после двух войн с Турцией Россия обрела Керчь, и стал город первой базой Российского флота.
Когда в 1771 году войска Долгорукова вошли в Крым, императрица приказала первой взять Керчь, ибо понимала, что взятие столь выгодного стратегического плацдарма дает нам ключ к Черному морю. В 1790 году в Керченском проливе русские моряки под командованием адмирала Ф. Ф. Ушакова одержали победу над турками, окончательно уничтожив их флот. С тех пор этот ключ изображают на гербе города, а устаревшая турецкая крепость Ени-Кале, построенная на одноименном мысу, теперь исправно принимает туристов.